مدرسه هوشمند، مثل هر طرح جدید دیگری معایب و مزایای مختلفی دارد و از جمله نکاتی که شاید نیاز به بازبینی و بهبود داشته باشد می‌توان به موارد زیر اشاره کرد:

از جایی که تعداد مدارس هوشمند هنوز به اندازه کفایت نیست، تعداد زیاد دانش‌آموزان در هر مدرسه و کلاس می‌تواند باعث کاهش مشارکت تمام دانش‌آموزان شود.
نداشتن زیرساخت اینترنتی مناسب و اختلال در وصل شدن به کلاس‌ها ممکن است بعضی دانش‌آموزها و معلم‌ها را دچار مشکل کند و باعث شود از کلاس‌ها عقب بیفتند.
زیاد شدن و تنوع بیش از حد مطالب درسی می‌تواند باعث سردرگمی دانش‌آموز شود که برنامه‌ریزی معلم می‌تواند در این زمینه راهگشا باشد.
نیاز به آموزش معلم‌ها، کادر مدرسه و والدین جهت تدریس به صورت هوشمند و هزینه‌ها و زمان لازم برای این‌کار، می‌تواند روند هوشمند شدن مدارس ایران را به تاخیر بیندازد.
حضور دائم دانش‌آموزان پشت لپ‌تاپ و در دست داشتن تبلت می‌تواند باعث خستگی چشمی و سردرد شود، اما این مشکل با مدیریت ساعت کلاس‌ها و زنگ تفریح‌های هوشمند و همچنین نظارت پدر و مادر قابل حل است.